Σύμφωνα με το Προεδρικό Διάταγμα ίδρυσής του ως Τμήμα ΔΠΦΠ (Π.Δ. 96/15-4-1998), το Πρόγραμμα Σπουδών του Τμήματος ΜΠ από την πρώτη ημέρα λειτουργίας του έχει διάρκεια δέκα (10) εξαμήνων που είναι υποχρεωτικά για τη λήψη του Διπλώματος. Επιπλέον, η Διπλωματική Εργασία είναι υποχρεωτική για την επιτυχή ολοκλήρωση του προπτυχιακού κύκλου σπουδών του Τμήματος και έχει διάρκεια ενός (1) εξαμήνου, ήτοι του εαρινού 10ου εξαμήνου φοίτησης. Το Πρόγραμμα Σπουδών του Τμήματος ΜΠ διαρθρώνεται έτσι ώστε να περιλαμβάνονται μαθήματα που θα διασφαλίζουν: α) τη θεμελίωση στις βασικές επιστήμες του μηχανικού, β) την ανάπτυξη των μαθημάτων κορμού της ειδικότητας σε όλο το εύρος του σχετικού γνωστικού αντικειμένου, και γ) την εμβάθυνση και την εμπέδωση σε υψηλό επίπεδο των γνώσεων στο εύρος του γνωστικού αντικειμένου της ειδικότητας.
Ειδικότερα, το Πρόγραμμα Σπουδών του Τμήματος ΜΠ διαρθρώνεται με τέτοιο τρόπο ώστε να προσφέρει στους προπτυχιακούς φοιτητές του τριανταοκτώ, (38), υποχρεωτικά μαθήματα, οκτώ (8) υποχρεωτικά επιλογής και επιπλέον είκοσιτρία 23 μαθήματα ελεύθερης επιλογής. Από τα 31 συνολικά μαθήματα επιλογής οι φοιτητές πρέπει να επιλέξουν δέκα έξι (16) από τα οποία τα οκτώ (8) είναι τα προαναφερθέντα υποχρεωτικά επιλογής. Η Διπλωματική Εργασία θεωρείται υποχρεωτικό μάθημα έτσι ώστε να συμπληρώνεται ο απαραίτητος αριθμός των 300 ECTS για τη λήψη του διπλώματος.